Град Кюстендил е разположен сред обширно поле, на умерена надморска височина – 525 м. в северното подножие на Осоговска планина. Лечебната база е разположена в централната част на града.
Основните ресурси на филиала са минералната вода и торфената кал от находището “Чукльово блато” в с. Байкал, Кюстендилско (находището на торфена кал е единственото одобрено изключително за медицински нужди). Торфът се отнася към групата на пелоидите, чиято формация е процес на геологично естество. Минералната вода дължи оздравителните си качества предимно на това, че е сулфидна, силициева и леко до умерено флуорна. От особено значение е състава на минералната вода, която е с ниска минерализация и съдържа сяра, соли и различни йони , с температура 17,5 – 73 оС . Тя е бистра, безцветна с приятни вкусови качества, въпреки лекия мирис на сероводород.